Prvé zmienky o hrade pochádzajú z roku 1271. V minulosti plnil strážnu funkciu hranice Rakúsko - Uhorska. V 17. Storočí ho zdedil do opatery Pavol Pálffy, vzdelaný a rozhľadený šľachtic, ktorý dosiahol hodnosť uhorského palatína. V štyridsiatych rokoch 17. storočia dal Pajštún veľkoryso prestavať keď práce zveril najvýznamnejším talianskym fortifikačným staviteľom a umelcom, ktorí pôsobili v habsburskej monarchii.
Pálffyovci tam sídlili až do doby keď sa nepresťahovali do pohodlnejšieho renesančného kaštieľa v Stupave a hrad začal pomaly upadať. Osudným mu však boli až Napoleonské vojská, ktoré odstrelili viaceré hradné múry. Poslednými šľachtickými vlastníkmi Pajštúnskeho hradu boli do roku 1945 Károlyiovci. Hrad je voľne prístupný verejnosti.
V súčasnosti vás pred vstupom privítajú kamenné levie hlavy. Pôvodne ich bolo deväť, dnes už však môžeme vidieť len šesť týchto architektonických skvostov. Jedného dokonca zblízka, keďže padol a nachádza sa neďaleko vstupnej brány. Ak si všimnete pajštúnske levy pozorne, zistíte, že každý z nich má iný výraz tváre.
Zaujímavosť:
Pajštúnsky hrad je veľmi obľúbenou lokalitou s množstvom horolezeckých ciest. Kedysi sa na Pajštúne pripravovalo na hory, v súčasnosti je táto skalka populárna najmä ako víkendová destinácia. Je pomerne dobre odistená (autori istení sú známi), cesty majú dĺžku 25-30 metrov a sú vedené nahusto. Ich počet je cca. sedemdesiat a zalezie si tu naozaj každý. Je tu dostatok ľahších ciest, ale aj tých náročnejších.
Ako sa na Pajštún dostať ?
Vychádzku na hrad odporúčame začať pri kostole v obci Borinka (235 m), kde môžeme nechať aj zaparkované auto. Z priestranstva pred kostolom a obchodom odbočíme na sever do bočnej ulice. Sprevádzať nás budú červené turistické značky. Na rohu ulice stojí požiarna zbrojnica a na nej umiestnená tabuľa nás informuje o histórii hradu, ktorý sme si vybrali za cieľ návštevy. Ulicou, ktorá sa onedlho stáča doľava sa dostaneme až na nespevnenú cestu, ktorá vedie za obcou v lese hlbokým výmoľlom. Vyššie pokračuje viac vstevnicovým smerom. Onedlho z lúky naľavej strane sa nám ponúka pekný výhľad na Borinku a okolie. Cesta smeruje k studničke, od ktorej nasleduje strmý výstup po spádnici vysokou bučinou pod hradné bralo. Do areálu hradu Pajštún (486m) vstúpime južnou bránou.
Z Bratislavy: Zo zastávky pod Novým mostom (alebo aj z Patrónky) autobusom č.37 na konečnú zastávku do Záhorskej Bystrice. Odtiaľ je možno pokračovať po modrej značke až do Marianky a po červenej cez Borinku na Pajštún. Vychádzka trvá cca 1,5 hod.
Z Rače: Toto je najdlhšia, ale zároveň najkrajšia trasa. Z Rače sa vyberiete popri kúpalisku Zbojníčka po zelenej alebo modrej značke na Medené Hámre a následne po žltej (s odbočením na Dračí hrádok) na Kozlisko a červenou na Pajštún. Trvanie tejto trasy je 4-5 hodín.